Die Fachbibliothek des Museums zu Allerheiligen bietet ein reichhaltiges Literaturangebot zu allen Bereichen des Museums wie Kunst, Geschichte, Numismatik, Archäologie, Naturkunde und Museologie. Ein weiterer Schwerpunkt liegt auf der Literatur zur Antikensammlung Ebnöther und zur Spielkartensammlung. Ausstellungs- und Auktionskataloge ergänzen den Bestand. Stadtbibliothekar Oliver Thiele freut sich über den Neuzugang: «Für den Bibliotheksverbund ist die Museumsbibliothek eine echte Bereicherung. Die Bevölkerung der Region hat hier nun Zugriff auf tolle Ausstellungskataloge und seltene Fachpublikationen.» Museumsdirektorin Gesa Schneider hebt besonders die interdisziplinäre Zusammenarbeit hervor: «Durch dieses Projekt rücken die beiden städtischen Institutionen, Stadtbibliothek und Museum, näher zusammen. Wir profitieren so vom Fachwissen des jeweils anderen und schaffen Synergieeffekte.»
 
Die Medien der Museumsbibliothek können online über den Verbundkatalog «bischonline.ch» bestellt, am Schalter der Stadtbibliothek ausgeliehen und wieder zurückgebracht werden. Die Räumlichkeiten der Bibliothek im Museum selber sind weiterhin nicht öffentlich zugänglich. Die Ausleihe ist kostenlos, benötigt wird ein Bibliotheksausweis einer der beteiligten Verbundbibliotheken. Dazu gehören neben den Bibliotheken Schaffhausen die Gemeindebibliotheken von Neuhausen, Hallau und Thayngen sowie die Stadtbibliothek Stein am Rhein, ausserdem die Bibliotheken der Kantonsschule und der Pädagogischen Hochschule.